SE3550722

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_6940
  • Mimulus guttatus
  • SE3550722
  • PIF/harbinger
  • To23
  • scaffold_6:5596235-5596821
  • TTA
  • AGAGCAACTCCAACAAGGT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
TT  AG  A        -------------A   GATGCAAAC          -      -------   C     T   -ATCAAAA      T          A     CAAAAACTTAGAATATGTAAAAATATAACTTTGGTTTCTCAAATTTGGACAACCAAAGTTAATTTTTAACAAATTGTTTAAACATTTAAAATAATAAAATAATCATACTAAATCCCATTCAACCACAAAATATGGTAGTTCAACTCCAAGTAATTTTTTTAATTAATTAAATTATCCTAATTTGAAAGTATATT
  AG  CA CTCCAACA              GGT         CTATAATTTA CATATT       TTA ACAAT TCA        ATCACA CTCCAACAAC AAATG                                                                                                                                                                                                  
  ||  || ||||||||              |||         |||||||||| ||||||       ||| ||||| |||        |||||| |||||||||| |||||                                                                                                                                                                                                  G
  TC  GT GAGGTTGT              CCA         GATATTAAAT GTATAG       AAT TGTTA GGT        TAGTGT GAGGTTGTTG TAACA                                                                                                                                                                                                  
AT  CG  A        CGAACAAATTTTTA   ACAGATATA          C      TTGTCAC   A     T   GAAAATTG      -          -     AATATAAAATGTGTTAATAATATAAAATAATAAAAAGTTTTTAATTAAAAATTAATTAAAGTTTTTTTAATAAAGTTCCTGGTATCAGGTTGTTGATATAATATTTTTAGTAAATTTTTTTATAATTTTTATTATTATTATTGATTATAAAAAATTATAATAATTATTTCTTCATAATATTTATTAATAAAACA

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End