SE3520746

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_6964
  • Mimulus guttatus
  • SE3520746
  • Mutator
  • M53
  • scaffold_7:4284134-4284763
  • TTATTATTA
  • AGGGTTAAATACAGTTTGCACCCCTAAAGTATACCCTCTATAACACTTACCCCCTTAAAGTATTATTTGTAACACTTATCCCCTCAAGCACAATTTAATTTGTATTTTTAAATTT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
TTATTATT             G           A       CC   -TA                                            CA    -     TAA          T      TAATACCTTAAAAATTTATTAT      ----   AA  ACTAAAAGAATAATTAAATTATACAACTAAAAATATCTGTTAAAAAATACAATATTTTAAAATTTGAAACTATTATCTTGCGTTGGATACTTTTTCAATAAATAACATCTAATTGTTGTTGGACCAATTAATCAAAATACTCTATCGATAAATTTTAAGAAAT
        AGGGTTAAATACA TTTGCACCCCT AAGTATA  CTC   TAACACTTACCCCCTTAAAGTATTATTTGTAACACTTATCCCCT  AGCA CAATT   TTTGTATTTT AAATTT                      ATTGAA    AGG  TA                                                                                                                                                                   
        ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||   |||||||||| ||||||                      ||||||    |||  ||                                                                                                                                                                    
        TCCCGATTTATGT AAACGTGGGGA TTCATAT  GAG   ATTGTGAATGGGGGAATTTCATAGTAAACATTGTGAATGGGGGG  TTGT GTTAA   AAATATGAAA TTTAAA                      TATTTG    GTT  AG                                                                                                                                                                   
ATTATTAT             G           C       -C   TAC                                            AG    A     -TA          T      --------------TTTTTTAT      TATT   --  ATTATTAATTGCCAAGTATCTTTTAACTTTTCATTGATTTTAATTAATAACTTTTTTTTTAATTTTTAATTATATATAACCATTATTACTTACTTTTATATAAATTTATTAATTATTTGATTTTATTTAAATTTATGAATTCTAAAAATAATCAATACATAAC

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End