SE3320079

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_7544
  • citrus sinensis
  • SE3320079
  • Mutator
  • M31
  • chr2:24725887-24726686
  • TATAATTAA
  • TAATTAAGGGAAATTATCAGCCATATATCCTTAAATGACACTCGTATCAAACGTGTGTGAATATTTTTCAAGTGTATCACTCGTATACCCTAAGTTAACAAAACACTTCTGCCGTCCACCAATCCGTTAACTTCCGTTTGCAAGCGCTGACA

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
TA      -              C                                                        C                  A                                         T C   CGC     TC     --     TT AGTCTTTTAAGATTGACGAAACTTTGATTAAAAAATAACATGTCATCCCATTTACATAGTAAAAAATGACATGTCATATGATATATATTGATAAAAATGACATGTCATCCCATTTATCGGATAATTGTTAATAATTGCTAAAAAAGACTACTTTACAACCTAATCTACTCCTTCAAAATTTAACCTAAATTTTTGAAGATCTACTCCTCCAAGCTCCAACTGAAAATTTTTAT
  TAATTA AGGGAAATTATCAG CATATATCCTTAAATGACACTCGTATCAAACGTGTGTGAATATTTTTCAAGTGTAT ACTCGTATACCCTAAGTT ACAAAACACTTCTGCCGTCCACCAATCCGTTAACTTCCGTT G AAG   TGACA  ATAAG  GGTAA  T                                                                                                                                                                                                                                         
  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||   |||||  |||||  |||||  |                                                                                                                                                                                                                                          
  ATTAAT TCCCTTTAATAGTC GTATATGGGAATTTACTGTGGGCATAGTTTGCATACACTTGTGAAAAGTTCACATA TGAGCATATGGGATTCAA TGTTTTGTGAAGACGGCAGGTGGTTAGGCAATTGAAGGCAA C TTC   ATTGT  CTTAA  CTGTT  T                                                                                                                                                                                                                                         
 A      A              A                                                        A                  C                                         T T   --A     --     TA     -- AATTGATAAAACGGGAATTTTGAGTTTTATTCCATTTTTCTATTTAAAAGAGGTTTTTAATTGCATTTAAAAGTTATGTGTTAAAAAAAATAAAACAATAATTGTTATGTAAAAAACTAATTTTTTTATTTAATAATTACCATGTATAATAATTGTTAATAGGTATTTTGTATAGTATAATATGGTATTTTTTAATAATTGTTGTATAATAAATGTTAATATGTATAATATGG

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End