Plant MITE

SE3320245

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_7710
citrus sinensis
SE3320245
Mutator
M31
chr4:7794775-7795548
TAAAGGAAG
AAGGGAAATTATCAGTTATATACCCTTAAATGACACCAGTATCAAACGTGCTACAGCACTTTTCAAGTGTATCACTCGTATACCCTAAGTTGACAAAACACTTCTGCCGTCCACCAATCCGTTAACTGCCGTTTGCGAGCGCGGA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TAAAGG                      C                                         AAG                               CAC     CC       AA      A         TGC    ---     CATCATAA      TA AGTCTTTTTAAAAAAACGACATGTCATCCCATTTACCTAGTAAAAAACGACATGTCATATGATATATTTTGATAAAAATGACATGTCATCGCATTTATCGGATAATTGTTAATAATTGCTAAAAAAAAAAACTACTTTACAACCGAATTTACTCCTCCAAAATTTAACCTAAATTATTGAAGATCTACTCCTCCAAGCTCAATTTGAATTTTTATGGTAT
      AAGGGAAATTATCAGTTATATA CCTTAAATGACACCAGTATCAAACGTGCTACAGCACTTTTC   TGTATCACTCGTATACCCTAAGTTGACAAAA   TTCTG  GTCCACC  TCCGTT ACTGCCGTT   GAGC   GCGGA        GGGTAA  T                                                                                                                                                                                                                            
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||  |||||||  |||||| |||||||||   ||||   |||||        ||||||  |                                                                                                                                                                                                                             
      TTCCCTTTAATAGTCGGTATAT GGAATTTACTGTGGTCATAGTTTGCACGATGTTGTGAAAAG   ATATAGTGAGCATGTGGGATTCAACTGTTTT   AAGAC  CAGGTGG  AGGCAA TGATGGCAA   CTTG   TGTCT        CGTTTT  A                                                                                                                                                                                                                            
AGGAAA                      A                                         CGA                               CTC     CA       AA      A         -TT    AAT     --TAAACT      -- CTGATAAAATGGGAAATTTGAGTTTTACTCCATTTTTTTATTTAAATAGAACTTTTAATTACATTTAAAAGTTATGTGTTAAAAAAAAATAATTGTTATGTAAAAAATAATTTTTTTATACTTAATAATTATCATGTATAATAATTGTTAATAGGTATTTTTTATAAGTAGAATATGGTATTTTTAATAATTGTTGTATAATAAATGTTAATATGTATAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3320245

TAAAGGAAGGGAAATTATCAGTTATATACCCTTAAATGACACCAGTATCAAACGTGCTACAGCACTTTTCAAGTGTATCACTCGTATACCCTAAGTTGACAAAACACTTCTGCCGTCCACCAATCCGTTAACTGCCGTTTGCGAGCGCGGACATCATAAGGGTAATATAGTCTTTTTAAAAAAACGACATGTCATCCCATTTACCTAGTAAAAAACGACATGTCATATGATATATTTTGATAAAAATGACATGTCATCGCATTTATCGGATAATTGTTAATAATTGCTAAAAAAAAAAACTACTTTACAACCGAATTTACTCCTCCAAAATTTAACCTAAATTATTGAAGATCTACTCCTCCAAGCTCAATTTGAATTTTTATGGTATAATATGTATAATTGTAAATAATATGTTGTTAATAATTTTTATGGTATAAGATGAATATTTTTTATGGATAATTGTTAATAATATGTACTATTAATAATTCATATTTTTTTAATAAAAAATGTATTGTTAATAAAAAAAAATTGTGTATTGAAAATTTACATTAATTTTCAAGATAAATTTATTTTTTTACCTCATTTTGAGTTTAAAGGGTAAAATAGTCATTTTGCTCAAATTCTGTTAAGTTCTTAACGGTAGTAAACGGAAAGGTGGACACCAGAACTCTTTTGTCAACTTAGGGTGTACGAGTGATATAAGCGAAAAGTGTTGTAGCACGTTTGATACTGGTGTCATTTAAGGATATATGGCTGATAATTTCCCTTAAAGGA

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