Plant MITE

SE3320296

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_7761
citrus sinensis
SE3320296
Mutator
M14
chr2:28593518-28594078
TAATAACAA
AGGGATATTATCATTTTTCCACCTAAGATATTCTGACACATCATGTCAGTACCACGGTTTGGTAAAACTATCAATTTACCACTAAACGTTTAAACTGTTAGCATTTTCCCACCATTCTGTTAAAACTCAGTTAATATGTAACGGAAAATTTCTAAAAGGTCAATTTTAC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TAATAACA                           AT                                                                                                   A                      C                 CCCT      ---- AAAAA      TAA  AACCTTTTATGAATTTTGTAATTAAATCATCATTTGTTGTTCTTCATTCTTAAAAGACAAAAATTACCATTTATGAATT
        AGGGATATTATCATTTTTCCACCTAAG  ATTCTGACACATCATGTCAGTACCACGGTTTGGTAAAACTATCAATTTACCACTAAACGTTTAAACTGTTAGCATTTTCCCACCATTCTGTTAAAACTC GTTAATATGTAACGGAAAATTT TAAAAGGTCAATTTTAC    GGAGTA    T     ACCATG   TT                                                                               
        |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||    |     ||||||   ||                                                                               T
        TCCCTATAATAGTAAAAGGGTGGATTC  TAAGACTGTGTAGTACAGTCATGGTGCCAAACCATTTTGATAGTTAAATGGTGGTTTGCAAATTTGACAATCGTAAAAGGGTGGTAAGGCAATTTTGAG CAATTATACATTGTCTTTTAAG ATTTTCCAGTTAAAATG    AGAAAT    C     CGTTAA   AT                                                                               
AACAATAA                           CT                                                                                                   G                      T                 --AC      CGAG -----      ---  TATTTATTTAAACTGGAAATTTTTAATTTATTTAATTTAGTTAAATACTTCATGGATTATGGTGTGCCAGTTAAAATGT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3320296

TAATAACAAGGGATATTATCATTTTTCCACCTAAGATATTCTGACACATCATGTCAGTACCACGGTTTGGTAAAACTATCAATTTACCACTAAACGTTTAAACTGTTAGCATTTTCCCACCATTCTGTTAAAACTCAGTTAATATGTAACGGAAAATTTCTAAAAGGTCAATTTTACCCCTGGAGTATAAAAAACCATGTAATTAACCTTTTATGAATTTTGTAATTAAATCATCATTTGTTGTTCTTCATTCTTAAAAGACAAAAATTACCATTTATGAATTTTGTAAAATTGACCGTGTGGTATTAGGTACTTCATAAATTGATTTAATTTATTTAATTTTTAAAGGTCAAATTTATTTATTAAATTGCCGAGCTAAAGACAGTAAAATTGACCTTTTATGAATTTTCTGTTACATATTAACGGAGTTTTAACGGAATGGTGGGAAAATGCTAACAGTTTAAACGTTTGGTGGTAAATTGATAGTTTTACCAAACCGTGGTACTGACATGATGTGTCAGAATTCCTTAGGTGGGAAAATGATAATATCCCTAATAACAA

Copy Cancel