SE3350469

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_7934
  • citrus sinensis
  • SE3350469
  • PIF/harbinger
  • To5
  • chr1:17088431-17089141
  • TAA
  • AGGGCCAGTTTGGGAATGCTGTAGCTTTTAAAA

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
TA      A        A    -G   --CT       TAATT   GTTAGCTGTGCTGTAGAAATAATCAGCTGTGAAGAGAATCAGTTAAGTGTTTGGTAAATTTTGTTTTAAAAAGTACTGTGAGTTTTGAAAGCAATTATGGACGTTTGGTAAATTTTACTGTTAAACTGTTACGAGAAAATAAATGACTAAAATATACATAATATAAGATAAAATTTATTTATATATATAAAACATGTACATATAATATTTTTAATTGTGTATTATAATAATTTTTATTAAAAATAAAATTTATAATATATTGATTTTACTTTTTTATTTTTTATCTTAAAACAATTGATAATTAAATTAATAA
  AGGGCC GTTTGGGA TGCT  TAG    TTTAAAA     GCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
  |||||| |||||||| ||||  |||    |||||||     |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T
  TCCCGG CAAACCCT ACGA  ATC    AAATTTT     CAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
AA      G        A    AA   CTCT       -----   TAAAATTTTTAGATTTTCAATCAAAATCACAAACCATTTTTTTTAGTTTTAGTGAAAACAGTTTTAGTCGGGGAGGATGTCGACTAAAATTTTTCGTCACTTCCTCATCGAAAATCTAAGACTAAAACTCTTAGTTAAAATAGTAAATTATGTTAAGGTACTTATAGGAATTTTAATAATGGATTTGGGTTTTAATAGGAATAAGTTTAACCTTTGTTTTATTTATAAAATTATTTAAACATAATATTAAGTAGTTATATTTAAATAATGATAGTTAAACAACCAGCTTAATAATAATTTAAACAAAGTGATA

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End