Plant MITE

SE3250087

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8198
Prunus persica
SE3250087
PIF/harbinger
PrpP5
scaffold_4:5061242-5061978
TGA
AGGGCATGTTTACGTATCAGTAATG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TG                         -----------  -    -     AAAGGGAATGATTTCCATTCCTGACTTCCCCTGCGTTTACTTGCAATCAGGAATGAAAAAATAAGTGGGTCCCACCTCAAAATCCGTAATCACATTCCCTCAAAACTAGGTATCAGATCGACTAGGGGGGACTAGTCGATACGATTCCCATTCCTGCTTTCTCTTATTAACTTCCAAAAATACCCTTACCACTTTACTATAATTCCAAAATAACTCAAACCTTAAAAAAAATAAAAATACACGCCAGAAGGAGTTCAAACAACTCAAACCCTTAACGTTACAACACAGGTGACTTCTTTTGTGAATTTTATCTCACTTGATCAA
  AGGGCATGTTTACGTATCAGTAATG           GG TATG GGAGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
  |||||||||||||||||||||||||           || |||| |||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
  TCCCGTACAAATGCATAGTCATTAC           CT AGTC ATTAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
AG                         CTCTTTCATTC  T    T     ATCCTTAGCCCCTTGATGACTTAGCCATACCCTTCTTAGTAAGGGTAATTCGACAAATGATTTGTATGCTTTAATCATTTCCTTACCCCAACTAAGGGTAACAATAACAAATGATTAAAAGTACTTAGTCTTAGGTTTAATTAAACTAATGATTTTACGGGATGTGTAAAAGTGGTGTAGTGTATATATTTTAAGTGGGTTTTGGTTTTCGATATCCTTTTCCCCAAAACTTAATTAGTCATTCTCCCTTAGGCAATAGTTTCTTTTAATAGTCGTTAAATAAGACTTGGTTTTCGATCTGTTCGATTGGACCGATTCTTTAGA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3250087

TGAGGGCATGTTTACGTATCAGTAATGGGTATGGGAGGAAAGGGAATGATTTCCATTCCTGACTTCCCCTGCGTTTACTTGCAATCAGGAATGAAAAAATAAGTGGGTCCCACCTCAAAATCCGTAATCACATTCCCTCAAAACTAGGTATCAGATCGACTAGGGGGGACTAGTCGATACGATTCCCATTCCTGCTTTCTCTTATTAACTTCCAAAAATACCCTTACCACTTTACTATAATTCCAAAATAACTCAAACCTTAAAAAAAATAAAAATACACGCCAGAAGGAGTTCAAACAACTCAAACCCTTAACGTTACAACACAGGTGACTTCTTTTGTGAATTTTATCTCACTTGATCAAAGATTTCTTAGCCAGGTTAGCTTGTCTAGCTTTTGGTTCAGAATAAATTGCTGATAATTTTCTTTGATAACGGATTCCCTCTTACTGATTAATTCAAAACCCCTTTTCCTATAGCTTTTGGTTTTGGGTGAATTTTATATATGTGATGTGGTGAAAATGTGTAGGGCATTTTAGTAATCAAATTAATTTGGATTCTGATTCATGAAAATTAGTAAACAATAACAATGGGAATCAACCCCATTCCTTTACTAATTTCGTATGTTTAGTAAACAGCTTAATGGGAATGATTCTTCCCATACCGATTCAGTAGTTCCCCGATTCCTAAATTATCTGATTCCTTACTTTCTCCATTACTGATACGTAAACATGCCCTGA

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