Plant MITE

SE3810229

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8547
Solanum tuberosum
SE3810229
Tc1/Mariner
St18
chr01:82091211-82091488
TA
TACTCCCTCCATTCCATATTAACTTAAGCTTTGAG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

         C   C              C      CCC              AATTAACTTAAGTTTTCAATCTTCAAGACTATTTTTAAAATATTCTTCCAATTTTTATCTTTTAAGTTAGTATTGGAATTAGTTATTA
TACTCCCTC ATT CATATTAACTTAAG TTTGAG   TTTTCCATTTTTCA                                                                                        
||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||                                                                                        T
ATGAGGGAG TAA GTATAATTGAATTC AAACTC   TACAAAGTGTGGGA                                                                                        
         A   A              C      ---              AATTCTTTACATCCAATCCTGTATTTAACTTGTATTAAAAGGTAAAAATGGAAATAATTAATAACAGTTTTTATTGATTTGTAATTAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3810229

TACTCCCTCCATTCCATATTAACTTAAGCTTTGAGCCCTTTTCCATTTTTCAAATTAACTTAAGTTTTCAATCTTCAAGACTATTTTTAAAATATTCTTCCAATTTTTATCTTTTAAGTTAGTATTGGAATTAGTTATTATAATTAATGTTTAGTTATTTTTGACAATAATTAATAAAGGTAAAAATGGAAAATTATGTTCAATTTATGTCCTAACCTACATTTCTTAAAGGGTGTGAAACATCTCAAACCTTAAGTTAATATGAAATAGAGGGAGTA

Copy Cancel