SE3820301

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_8619
  • Solanum tuberosum
  • SE3820301
  • Mutator
  • M26
  • PGSC0003DMB000000715:149456-150208
  • CAGAAAATG
  • TGGAGTTAATATCTTAAAAGGTCATTTAACTTTGAGAATTTATCTAATAAAGTCATTAAACTTTATTTTGTATCAATAAAATCACTCAACTTTAATATTTGTATCAATAAAACCATTTAACTAAATTT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
CAGAAAA                             C                A          A      A                           TA  A          T    C         A     --AG   TA -   TTAATTTAATAGGATTAACACACTAAACCAACATTTTACCCGTGATATATCCCACCCAGGAGCCCTTATTTGTTGGTTATAATTTAAAATCTTTAACCTAACCTAGCAGTGAATATTGAGAAGTTTGATAAACAAATTAGTTAGCGCATTACACAGGAATTTTTTTTCCTTTTTGTAGTTATTTTTTATGCTATGTATACATTTATTAATGGAGTTTAATTACAAAACTT
       TGGAGTTAATATCTTAAAAGGTCATTTAA TTTGAGAATTTATCTA TAAAGTCATT AACTTT TTTTGTATCAATAAAATCACTCAACTT  AT TTTGTATCAA AAAA CATTTAACT AATTT    CCT  A TTA                                                                                                                                                                                                                                      
       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||| ||||||||| |||||    |||  | |||                                                                                                                                                                                                                                       
       ACCTCAATTATAGAGTTTTCCAGTGAGTT AAACTCTTAAATAGAT GTTTCAGTAA TTGAAA AAAACATAGTTATTTTAGTGAGTTGAA  TG AAACATAGTT TTTT GTAAGTTGA TTGAA    TAT  T ATT                                                                                                                                                                                                                                      
GTAAAAG                             A                C          C      C                           TG  A          T    A         A     AACA   -- T   TTAGTGAATTGATTTAAATAGTAACTTAAAAAAAAATATAGTGTTTTATCATAATAAAATACGGTTCATATGTAATTACCTTAAATTAATAATACGTAAATTAACTCGTTGTTTATTTCCAAAGAACCCAACCTATACATAGTGCCCATTTCACAACTAAATCACACCATTAGGATAATTTAATTCGCTTATGTAATTATTAATACCGACAGTGCAGAGTAAACGTCACC

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End