Plant MITE

SE3830353

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8671
Solanum tuberosum
SE3830353
hAT
Hat24
chr04:7117139-7117749
TTACCTGC
TAGGGGTGTGC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TTACCTGC           AAAAA     -TTAAC           ACCGAAAAAAACACTATTGGTTTATTGATATTGGGTTATTGGGCTAACGGTTTTTAAACGGTTTTGCAAAATTTTTTATTGGGTTATTGGTTCGGTTTCCGGTTTTATAATTTTTGTTAATGGTTAAACCGATAACCCAATAAGACTATACTAAATTTACTAGTCTTATTGTTAATGATTAAACGATTGTTACTTTCACACTTTTTGTTAATGGTTAAACGATTGTTACTTTCACACTTTTTCCTTTGAATGTGTCTAGTGT
        TAGGGGTGTGC     CCGAT      CAATAAACCGA                                                                                                                                                                                                                                                                      
        |||||||||||     |||||      |||||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                      C
        ATCCCCACGCG     TAGCC      GCCAAGCCAAA                                                                                                                                                                                                                                                                      
CGTCCATT           -----     AGTCAA           ATCCACAATAACCAAGCCAAATAGCCAAAAGCCAAACATTTATACAGTTTGGCTATTGGTTTGGTTATTGTATAAAGAATAGCCAAAAACCAATTAGCCAAATACCATGAATTGCCAAGCCAAAAGCCAAATTGGTTATTCTTTTATGAGTATGTATAATATATGTGCTATTCTTTTAAAAGTTTATTTGGTATACTAAAAAAGTCGTAAACCGTACTTTCATTATTAGTATTTTCATTGTTAGTAAAAAGAACGTTCAAAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3830353

TTACCTGCTAGGGGTGTGCAAAAACCGATTTAACCAATAAACCGAACCGAAAAAAACACTATTGGTTTATTGATATTGGGTTATTGGGCTAACGGTTTTTAAACGGTTTTGCAAAATTTTTTATTGGGTTATTGGTTCGGTTTCCGGTTTTATAATTTTTGTTAATGGTTAAACCGATAACCCAATAAGACTATACTAAATTTACTAGTCTTATTGTTAATGATTAAACGATTGTTACTTTCACACTTTTTGTTAATGGTTAAACGATTGTTACTTTCACACTTTTTCCTTTGAATGTGTCTAGTGTCTAAACTTGCAAGAAAAATGATTGTTACTTTTATGATTATTACTTTCATGCCAAATGCTGAAAAAATCATATGGTTTATTTGAAAATTTTCTTATCGTGTATATAATATGTATGAGTATTTTCTTATTGGTTAAACCGAAAACCGAACCGTTAAGTACCATAAACCGATTAACCAAAAACCGATAAGAAATATGTTATTGGTTTGGTTATCGGTTTGACATATTTACAAACCGAAAACCGATAAACCGAACCAATAACACCTAAAACCGAACCGAACTGACCGATGCGCACCCCTATTACCTGC

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