Plant MITE

SE3830409

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8727
Solanum tuberosum
SE3830409
hAT
Hat18
chr08:28779701-28780340
CCGTAGCC
GTAGCCTAGGGATGGCAAATGGGGCGG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

CC  A  -C            A        -----T   GGGCGGGGGCGGTGCGGGTTGAGCTTAACCCGCAAAATTTTTAATCTGCTCCGCCCCGCCCCACATAACAACTCTTTTCATTTTCAACCCGCCCTACCCAGCCCCGCATAGACCCGCTCCGCATGAATCCGCCCCGCATAATTTTTTAATATTTTCTTTTTCTAGTTATGTTTGATACTAAAAATAAATTTATAAAAACAAATTCATTTTTTCATTAAGTTGTATTAATTTAATAGGATAGTGATTTAAATTTTATTTTTTAGAGGTCAATTGGGAAATATGTAA
  GT GC  TAGGGATGGCAA TGGGGCGG      GTA                                                                                                                                                                                                                                                                                             
  || ||  |||||||||||| ||||||||      |||                                                                                                                                                                                                                                                                                              
  CG TG  ATCCCTACCGTT ACCCCGCC      ACG                                                                                                                                                                                                                                                                                             
 C  A  CC            -        CCGCTT   CCCCGTCCCACCTAAATTCCGATACACCCCACCCCACCCCACCCCGCCCCGCCTATATTCCAACACACCACGCCCAGCCTACGTTCCGCCCGACTTCACCAAAAAATTTTTAATTACACCCGCTCAACGCCCATATACACTAAAATATACCCAAGTTTGAATTAAAATTAAAAAATGTACAATATTCTCACTATCTTGTAATAAATAATTCTATTAAAGTAAATTTCGATGATTTTATAAGTTCTATTATTTACTTTTACCAAGTTATTTTTTATTATGTTAAAG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3830409

CCGTAGCCTAGGGATGGCAAATGGGGCGGTGTAGGGCGGGGGCGGTGCGGGTTGAGCTTAACCCGCAAAATTTTTAATCTGCTCCGCCCCGCCCCACATAACAACTCTTTTCATTTTCAACCCGCCCTACCCAGCCCCGCATAGACCCGCTCCGCATGAATCCGCCCCGCATAATTTTTTAATATTTTCTTTTTCTAGTTATGTTTGATACTAAAAATAAATTTATAAAAACAAATTCATTTTTTCATTAAGTTGTATTAATTTAATAGGATAGTGATTTAAATTTTATTTTTTAGAGGTCAATTGGGAAATATGTAAGAAATTGTATTATTTTTTATTGAACCATTTTCATTTATTATCTTGAATATTTTAGTAGCTTTAAATGAAATTATCTTAATAAATAATGTTCTATCACTCTTATAACATGTAAAAAATTAAAATTAAGTTTGAACCCATATAAAATCACATATACCCGCAACTCGCCCACATTAATTTTTAAAAAACCACTTCAGCCCGCCTTGCATCCGACCCGCACCACACAACCTTATATCCGCCCCGCCCCACCCCACCCCACCCCACATAGCCTTAAATCCACCCTGCCCCGCATTCGCCCCGCCCCATTGCCATCCCTACCGTAGCC

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