SE3830601

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_8919
  • Solanum tuberosum
  • SE3830601
  • hAT
  • Hat53
  • chr04:13976178-13976916
  • CCTATCAC
  • TAGGGGTGTCAATGG

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3' 
CCTATCAC            T  -------------TA   T CGGTCAATTATTTTTTTTAAAAAATTATACCATCCCAATTTTTCAGGTATTTTATAATATATAACCAAAATTAGATTTTTAAAAATAATCTCAATCATATCGGTTTCTTTCGATACCGGTACGGTTCGGTTAATTTTCGGTTTTTATTACTTTTAAAATATCACCTCAAAATAGACTACTATTAAAATATTTCTTTCACAATTATGTTCTTGAAAAAACACTTTAATTCTTCACCAAGAAGACAAGAATGTAAAATTTATTGCCGTATTGTTTGATCTTAAATATTTAATAGGAGTGTTTGCATAGGTTTTGTTGTATTGTTTGATAGAGTAT
        TAGGGGTGTCAA GG               CGG T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
        |||||||||||| ||               ||| |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             C
        ATCCCCACAGTT TC               GGC T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
CACTATCC            T  TTATACTTTTCGACT   - TGGATTAGCTTGGCTTAGCTAAATACAATAAAAAAAGTTATTTTAGCACTTAAAAATAAATTCACATATTGGCAGGGCTTGTTAACCCTACCTATAAAATTAAATACATTTTTTGGTTTTTTTAGAGTTTGGCTTGGTTTATTGGAATTGTACATACATTTATATAAAACATATAATTATTATACAATTTAAATTATATATTTATACAAAATATTGTAAAAAGTTTATATTATATTGGATCCAGGATCCGGAGACTACTGATCTGCTGAAACCCAGAAACGAGAACTTAATCGGAAATGAATTAATCCAAATTTTAATTTTCTATGATATTAT
Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End

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