Plant MITE

SE3830604

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8922
Solanum tuberosum
SE3830604
hAT
Hat18
chr01:25091319-25091944
GTGATATT
GATATTTAGGGATGGCAATGGGGCAGG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GT      --                  A  -    ATACG    GGGGTGGGTTTAAGGCTATGTGGGGCGGGGAGTGTTTAAGGTTGTGTGGTGCGGGTCGGATGCGGGGCGGGTTGAAGTGGGATTTTTAAAAATTAATGTGGGGGGGCGGGTTGCGGGTATATGTGATTTTATGTGGGTTCAAACTTAATTTTAACTTTTTACATGTTATAAGAGTGATAGAGCATTATTTATTAAGATAATTTCATTAAAGATATTAAAATATTCAAGATAATAAATGAAAATTGTTCAATTAAAAATAATACAATTTCTTAC
  GATATT  TAGGGATGGCAATGGGGC GG GTGG     GGGC                                                                                                                                                                                                                                                                                 
  ||||||  |||||||||||||||||| || ||||     ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                 A
  TTATAG  ATCCCTACCGTTACCCTG CC CATC     CCGC                                                                                                                                                                                                                                                                                 
        CA                  -  A    -----    CCCCACCACGCCCAACTCGAATTGGGCGTTTTAAAAATTAGGCGGGGCGGGACGTATTGTTGAGAAAAGTAAAAGTTGGACGGGGTGAGGAGGAGCGTATCTGGGAGGGGCGTACTTGGGCGAGGTGTATTAAAAAAATTATAAAAGAAAAAGATCAATACAAACTATGGTTTTTATTTTAAGTATTTTTATTTAAATAAAAAAATAATTCAACATAATTAAATTATCCTATCACTGAATTTTAAAATAAAAAATCTCCAGTTAACCCTTTAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3830604

GTGATATTTAGGGATGGCAATGGGGCAGGGTGGATACGGGGCGGGGTGGGTTTAAGGCTATGTGGGGCGGGGAGTGTTTAAGGTTGTGTGGTGCGGGTCGGATGCGGGGCGGGTTGAAGTGGGATTTTTAAAAATTAATGTGGGGGGGCGGGTTGCGGGTATATGTGATTTTATGTGGGTTCAAACTTAATTTTAACTTTTTACATGTTATAAGAGTGATAGAGCATTATTTATTAAGATAATTTCATTAAAGATATTAAAATATTCAAGATAATAAATGAAAATTGTTCAATTAAAAATAATACAATTTCTTACATATTTCCCAATTGACCTCTAAAAAATAAAATTTTAAGTCACTATCCTATTAAATTAATACAACTTAATAAAAAAATAAATTTATTTTTATGAATTTTATTTTTGGTATCAAACATAACTAGAAAAAGAAAATATTAAAAAAATTATGTGGAGCGGGTTCATGCGGGGAGGGTCTATGCGAGGAGGAGTGGGGCAGGTTGAAAATGAAAAGAGTTGTTATGCAGGGCGGGGCGGATTAAAAATTTTGCGGGTTAAGCTCAACCCGCACCACCCCCGCCCTACACCGTCCCATTGCCATCCCTAACGATATT

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