Plant MITE

SE2830135

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_9140
Sorghum bicolor
SE2830135
hAT
Hat12
chromosome_9:44916759-44917314
CTTAGAAT
TAGGCCTGGGCA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

CTTAGAAT            AATTACCC  --  CCCATTATCCGTACCCGAATTACCTGGACCCGGACCCGAATTACCCGAACCTGAGGTACCCGATCCTAAATTCAGATAGTGATTTTGATTACCCGAAATTAGTTTGGGTAATTCGGGTAATATCTTCCGGTACCCGAACTACCCGAATATTTGTCTATATCTTTGTATTTATCATGTGTTGTTAGTTAAATATTAGAATTTATCAATTTATTAGAACATAATTCTCTTTGTTTGAACAAGTGATAGTA
        TAGGCCTGGGCA        GA  TA                                                                                                                                                                                                                                                        
        ||||||||||||        ||  ||                                                                                                                                                                                                                                                         
        ATCCGGACCCGT        GC  AA                                                                                                                                                                                                                                                        
TAAGATTC            ------AA  CC  TGGGCTAAAAAAGCTCAGCCCATTAAGCCTATTAAGTTTTAAGCCCATTACTTTTAACAATGGGCTATAATCAGGACTTTTTTGTGATGGGCGTTAAAGCCCATAGGCTATTAAGCCCAAGCCCATAAGGGCTAAATGGGCTTAAAAGTTTTTTGTTATGTGATATGTTTTAAAGTTATCGTTAAATATATATTAAAGTCGTCGTTAAACATATCTTAAAGTTATCGTAAAACATCTCTTATTATATA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2830135

CTTAGAATTAGGCCTGGGCAAATTACCCGATACCCATTATCCGTACCCGAATTACCTGGACCCGGACCCGAATTACCCGAACCTGAGGTACCCGATCCTAAATTCAGATAGTGATTTTGATTACCCGAAATTAGTTTGGGTAATTCGGGTAATATCTTCCGGTACCCGAACTACCCGAATATTTGTCTATATCTTTGTATTTATCATGTGTTGTTAGTTAAATATTAGAATTTATCAATTTATTAGAACATAATTCTCTTTGTTTGAACAAGTGATAGTAATATATTATTCTCTACAAAATGCTATTGAAATTCTATACAAATTGCTGCTGAAATTATATATAAATTGCTATTGAAATTTTGTATAGTGTATTGTTTTTTGAAAATTCGGGTAAATCGGGAATACCCGAACCCGAATTATCGGATACCCGAAATTGCGGGTAGTGTTTTTTCAGGACTAATATCGGGTAACAATTTTCATTACCCGAATTTTGAATTATCCGAATTACCCGACTCGAAAAAATCGGGTAACCCGAATGCCCAGGCCTACTTAGAAT

Copy Cancel