Plant MITE

SE2850375

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_9380
Sorghum bicolor
SE2850375
PIF/harbinger
To37
chromosome_3:10721194-10721796
TTA
TAGGCCTTGTTTA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

T    C        -       -----------------     A  GGTGTT  AAAATTTTTGGGTGTCACATCGGATGTGTCGGAAGAATGTCGGGAGGGATTTTTAGAAACTAATAAAAAAACAAATTACATAGCTCGTCTGGAAACTACAAGACAAATCTATTAAGCATAATTAATCTGTCATTAGTACATGTGGGTACTGTAGCACTTAAGGCTAATCATGGACTAACTAGGCTTAAAATATTCGTCAAACGATTCTCAACCAAACTGTGTAATTAGTTTATTTTTTATTTACATTTAATGTTCCATG
 TAGG CTTGTTTA GGCCCTG                 TTTAG TT      GA                                                                                                                                                                                                                                                                   
 |||| |||||||| |||||||                 ||||| ||      ||                                                                                                                                                                                                                                                                    
 ATCC GAACAAAT TACGTGG                 TGTTC TA      AG                                                                                                                                                                                                                                                                   
A    A        T       GTTTTTGGGTTTTGAAA     -  ------  AGGTAGTGTAGCTTAGAACGCCGTGTACATACCTTGTAATTTATATTTACTTTTTCTATTGATTAATGTGTCAAATGGACATTTAGTGCTCTGCTTAGAAAATTCAGATCAAAATTAGAAAATTTAGTGCTCTGCTTAGAAAATTATATTTTTGCTTTTACGATGTCACAGCTTTAGGTTTTTCAAAAACCTAGATTCCGGGACAAATCAAGGGGTGGTTTTTTTTAAAGTAGGTAGAGTAGCTTAGAAACCTGTGTAC

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2850375

TTAGGCCTTGTTTAGGCCCTGTTTAGATTGGTGTTGAAAAATTTTTGGGTGTCACATCGGATGTGTCGGAAGAATGTCGGGAGGGATTTTTAGAAACTAATAAAAAAACAAATTACATAGCTCGTCTGGAAACTACAAGACAAATCTATTAAGCATAATTAATCTGTCATTAGTACATGTGGGTACTGTAGCACTTAAGGCTAATCATGGACTAACTAGGCTTAAAATATTCGTCAAACGATTCTCAACCAAACTGTGTAATTAGTTTATTTTTTATTTACATTTAATGTTCCATGCATGTGTCCAAAGATTCGATGAGATGGATGAAATTTTTTTTGGTGGGGAACTAAACAGGGCCTTAGATCCAAAAACTTTTTGGATTTCGACACTGTAGCATTTTCGTTTTTATATTAAAAGATTCGTCTCGTGATTTAAAAGATTAAAACTAGACTTAAAAGATTCGTCTCGTGATTTACAGGTAAACTGTGTAATTAGTTATCTTTTTCATTTATATTTAATGTTCCATACATGTGCCGCAAGATTCGATGTGATGGAGAATCTTGTAAAGTTTTGGGTTTTTGGGTGCATTTAAACAAGACCTAA

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