Plant MITE

SE1830070

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_10398
Glycine max
SE1830070
hAT
Hat6
Gm10:36192993-36193606
GCCACATG
CATGCATGGTTATCAAACT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GCCA    ----  TG           ---CTC   -   ACTCACTAACTCTTACGAGTTTACGATTCTACTTACTCTCTGAGTTGACTCTTGAGTAAACTCTTTTTTTAGTAGACTTTGGGTAAACTCTATAAACTCTAAGTAAACTCGGTAAACTCTCGAGTTTACCATCAAGTCAACGAGTGAGTAAGTTAAAAAAATTAGACCAAAATGCAAGTCATTTTGAGTTGTTTTTTTGTCTATTTAGTGTTCCACATACCTTCATTTAGTGTGTTATTCTCAAATACAAAAATTCTCACCTTTAATAATATC
    CATG    CA  GTTATCAAACT      GAG TTA                                                                                                                                                                                                                                                                                 
    ||||    ||  |||||||||||      ||| |||                                                                                                                                                                                                                                                                                  
    GTAC    GT  CAATAGTTTGA      AAA TCA                                                                                                                                                                                                                                                                                 
        ACCG  TA           ACTCTC   T   TCTGAGCACTCTCAAGGTATCTGAGCTGAGCACCTGAGTGAGCATCTGAGCATTCTCAGGTGAAATATATTTTTATTATTGTTTTATAAACATTTATTTTATAATTAATTTTTAAAGTTGTTATATTACTTTATTTTATCATTTAGTATTTAAAGTGTTATGAATTTATTGGTTCAGATCATTACGTAGTGATGATCTATTATTGAACGTCTATAATATCATCACCATCTAGTAAAGGTAACTCCTAAACTACAATAATCTCTTGTTCCAAAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1830070

GCCACATGCATGGTTATCAAACTCTCGAGTTAACTCACTAACTCTTACGAGTTTACGATTCTACTTACTCTCTGAGTTGACTCTTGAGTAAACTCTTTTTTTAGTAGACTTTGGGTAAACTCTATAAACTCTAAGTAAACTCGGTAAACTCTCGAGTTTACCATCAAGTCAACGAGTGAGTAAGTTAAAAAAATTAGACCAAAATGCAAGTCATTTTGAGTTGTTTTTTTGTCTATTTAGTGTTCCACATACCTTCATTTAGTGTGTTATTCTCAAATACAAAAATTCTCACCTTTAATAATATCAAAACCTTGTTCTCTAATAACATCAAATCCTCAATGGAAATGATCTACCACTACTATAATATCTGCAAGTTATTATCTAGTAGTGATGCATTACTAGACTTGGTTATTTAAGTATTGTGAAATTTATGATTTACTATTTTATTTCATTATATTGTTGAAATTTTTAATTAATATTTTATTTACAAATATTTTGTTATTATTTTTATATAAAGTGGACTCTTACGAGTCTACGAGTGAGTCCACGAGTCGAGTCTATGGAACTCTCACGAGTCTACTTAAACTCTCAAGTTTGATAACATTGGCCACATG

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