Plant MITE

SE3150156

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_10753
Fragaria vesca
SE3150156
PIF/harbinger
FrvP7
LG7:5879125-5879511
TAT
AGAGCATCTTTA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TATT            --   G        TTT -    CCTTAGTTATTTTAGAGAGTGTGTTTAGTTTTTTTGGATGTTTTAGGAGCTCTAACAGACTAGCTAAACTTGAGCTATTATGACTTTTAGCTATCTCGCTAGTTATATTTAGCTAGTGAGATGACTCATATGAGGCTAGCTATAATTTAATGCATTCCTT
    AGAGCATCTTTA  ACA ACTCTCTA   T AACT                                                                                                                                                                
    ||||||||||||  ||| ||||||||   | ||||                                                                                                                                                                 
    TCTCGTAGAAAT  TTT CGATCGGT   A AAAC                                                                                                                                                                
  AT            CG   -        --- A    TCAATTTAAAATCAGTTTAATCGATTTTACAGTAAAACCGATCAGTGAAATCTTTACACCGACGTAGTTACGAGAGATAAAATCGATTGTAATGTAGTTGTAATAAGAAGTTTATCTTTAATTTATTAAATTTATATAAAATAGTGTATTTTATAGAATG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3150156

TATTAGAGCATCTTTAACAGACTCTCTATTTTAACTCCTTAGTTATTTTAGAGAGTGTGTTTAGTTTTTTTGGATGTTTTAGGAGCTCTAACAGACTAGCTAAACTTGAGCTATTATGACTTTTAGCTATCTCGCTAGTTATATTTAGCTAGTGAGATGACTCATATGAGGCTAGCTATAATTTAATGCATTCCTTGTAAGATATTTTATGTGATAAAATATATTTAAATTATTTAATTTCTATTTGAAGAATAATGTTGATGTAATGTTAGCTAAAATAGAGAGCATTGATGCAGCCACATTTCTAAAGTGACTAGCCAAAATGACATTTTAGCTAATTTGACTAAAATTTAACTCAAAAATGGCTAGCTTTGCTAAAGATGCTCTTA

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