Plant MITE

SE4120011

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_10971
Theobroma cacao
SE4120011
Mutator
M6
Tc00:23395470-23396151
GACAAATTA
AAATTATACAATTAATCTTTATACT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GACAAATTAGATC       A      A   TTA    CTATC         A       CATTATACAAG                   C     CC              ---AT     ------TC     --  CTAAAAATTTTCAATTATCTATATTGATATGACGTTTCGTTGTGTTCATGTGACATTAAATTTGATAACATGACAATGATAATGTGACATTTCACAAATGATATAATAGTAGTATCAATATAACGTGAACAAGTACTAACATGAATTTTATAACTCAAACATAGAATTATCTAGTGTGAGTTAATGATTTTAAACAGGATTAAAAAA
             AAATTAT CAATTA TCT   TACT     AAAATAGTG ATTTAGT           AATTTGTAAAAATTGAGTC TTATA  TTTTAAAATTGATA     GTCAA        CAATG  TG                                                                                                                                                                                                               
             ||||||| |||||| |||   ||||     ||||||||| |||||||           ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||     |||||        |||||  ||                                                                                                                                                                                                               A
             TTTAATA GTTAAT AGA   ATGA     TTTTATCAC TAAATCA           TTAAACATTTTTAACTTAG AATAT  AAAATTTTAACTGT     CAGTT        GTCAT  TT                                                                                                                                                                                                               
ATTAAATAGCCAA       C      G   TAC    AACCA         C       AAGACATATTA                   A     AA              ACAAT     TAACAATT     AA  TTACAAAAATAATAAATACAAATCTACCGTAAAAAATGACTATATTGTAATTTATGCTACTATACAATTACTACTGCACTGTAAAAAGTAAATAAAGTGTTGTAAGGAAAGTAGCGAAATTTAATATCTCGTGTTTTTAAGTTAAGAAGTGACAAAGTGTTATGAAAAAAGGATCTAGGATTTTTAGATAAGTATTAAAATTAAACA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4120011

GACAAATTAGATCAAATTATACAATTAATCTTTATACTCTATCAAAATAGTGAATTTAGTCATTATACAAGAATTTGTAAAAATTGAGTCCTTATACCTTTTAAAATTGATAATGTCAATCCAATGTGCTAAAAATTTTCAATTATCTATATTGATATGACGTTTCGTTGTGTTCATGTGACATTAAATTTGATAACATGACAATGATAATGTGACATTTCACAAATGATATAATAGTAGTATCAATATAACGTGAACAAGTACTAACATGAATTTTATAACTCAAACATAGAATTATCTAGTGTGAGTTAATGATTTTAAACAGGATTAAAAAAAACAAATTAAAATTATGAATAGATTTTTAGGATCTAGGAAAAAAGTATTGTGAAACAGTGAAGAATTGAATTTTTGTGCTCTATAATTTAAAGCGATGAAAGGAATGTTGTGAAATAAATGAAAAATGTCACGTCATCATTAACATATCATCGTATTTAATGTTATATCAGTAAAAAATGCCATCTAAACATAAATAATAAAAACATTTTAATACTGTTAACAATTTGACTAACATGTCAATTTTAAAAAATATAAAGATTCAATTTTTACAAATTATTATACAGAAACTAAATCCACTATTTTACCAAAGTACATAGAGTAATTGCATAATTTAACCGATAAATTA

Copy Cancel