Plant MITE

SE3720002

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11070
Solanum lycopersicum
SE3720002
Mutator
M1
SL2.40ch02:17152318-17153070
TAAATGATT
GGGAAAAGGGTTTGATATACCCCTCAACTTTGTTATTTGGAGCTGATATACCCCTTCGTTTTGATAGTGGCTCATATATATCCTTACCGTTATACAAATGGTTCACA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TAAATGATT                      C                                 C   T   T                      CGT  T        TT    CATACCCCT      ACAAAATGAGCTCACATATACCCTTCATTTAACAGAAGAAAAAAAATTAGTTTTAAATTAATAGTTTTTACTTTTATTTTTTTTAAAAATTATTTAGGGGTACATATAATTCTTTTATCAAAGTTCAAGGTATATTTCAATTTTTTAATACATAAATTATTTTTTTGACTTATTTTATTATAATTATTTGAGTTTCTTATTCTTATTTTTTTCTTTCATTCCTTAGTGTAAAGAAAGAATATTAAAACTAT
         GGGAAAAGGGTTTGATATACCC TCAACTTTGTTATTTGGAGCTGATATACCCCTT GTT TGA AGTGGCTCATATATATCCTTAC   TA ACAAATGG  CACA         GCCGTT                                                                                                                                                                                                                                                           
         |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||   || ||||||||  ||||         ||||||                                                                                                                                                                                                                                                           T
         CCCTTTTCCCAGACTATATGGG AGTTGAAACAGTAAACCTCGACTATATGGGGAA TAA ACT TCACTGAGTATATATGGGGATG   AT TGTTTACT  GTGT         TATATG                                                                                                                                                                                                                                                           
TTAGTAAAT                      -                                 -   T   T                      AAT  T        --    --------T      GGAAAAGATTGCCTTTTACTTTTATTATTATTAAAATTAGATTAAAAAATAATAAAAAAAGATTTTTTATATTAGGGTATACTCATCTTAATTTGGAGCAGTTTAAAAAAAAATAAAATTACTTATTAAATCTTAATAATCAAAACTACTAGTTTAAATAACTTCAAAGTGGTTATAAGAACATTTTGAATAACATCTACTGGTAAAGAAAAGAAGCTTTTGTTGTTAATTTAATGTTATATCTGTATTTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3720002

TAAATGATTGGGAAAAGGGTTTGATATACCCCTCAACTTTGTTATTTGGAGCTGATATACCCCTTCGTTTTGATAGTGGCTCATATATATCCTTACCGTTATACAAATGGTTCACACATACCCCTGCCGTTACAAAATGAGCTCACATATACCCTTCATTTAACAGAAGAAAAAAAATTAGTTTTAAATTAATAGTTTTTACTTTTATTTTTTTTAAAAATTATTTAGGGGTACATATAATTCTTTTATCAAAGTTCAAGGTATATTTCAATTTTTTAATACATAAATTATTTTTTTGACTTATTTTATTATAATTATTTGAGTTTCTTATTCTTATTTTTTTCTTTCATTCCTTAGTGTAAAGAAAGAATATTAAAACTATTTTTTATGTCTATATTGTAATTTAATTGTTGTTTTCGAAGAAAAGAAATGGTCATCTACAATAAGTTTTACAAGAATATTGGTGAAACTTCAATAAATTTGATCATCAAAACTAATAATTCTAAATTATTCATTAAAATAAAAAAAAATTTGACGAGGTTTAATTCTACTCATATGGGATTATATTTTTTAGAAAAAAATAATAAAAAATTAGATTAAAATTATTATTATTTTCATTTTCCGTTAGAAAAGGGTATATTTGTGTCATTTGTTTATAAGTAGGGGTATATATGAGTCACTTTCATAATAAGGGGTATATCAGCTCCAAATGACAAAGTTGAGGGTATATCAGACCCTTTTCCCTAAATGATT

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