Plant MITE

SE3720046

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11114
Solanum lycopersicum
SE3720046
Mutator
M8
SL2.40ch07:2080806-2081203
AAATGATTT
AAATGATTTGGAAAAATTACTTGAATGAATGC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

    G      A   A    T      -AA   GTTTT     ATAATTATTGATTTTAGCAATTTTTTTATTTATTATCATTTATAGCAATACTATGTTAAGTCTGTAATATGTATTTAAATTAAATTAAATATGCAATATATATGTATTATAATTATTTTTAAAAATATATTATGCTTGTTTGATAAGACACATTGTATT
AAAT ATTTGG AAA TTAC TGAATG   TGC     AATAA                                                                                                                                                               
|||| |||||| ||| |||| ||||||   |||     |||||                                                                                                                                                                
TTTA TAAACC TTT AATG ATTTAT   ATG     TTTAT                                                                                                                                                               
    G      C   G    T      ATG   -----     TTTTTATAAATGGTAAATATCGTTATTTTAAAAAAAAGTGAAATAGTGAAAATTATATAAATATTATGTGAAAATTTAGTATAATGTTTTTTAGTTAAATAATAAGTGTATATTATGTTCGAAAGAAACTACCTATTACGTAAATAGTATGTAAAAATA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3720046

AAATGATTTGGAAAAATTACTTGAATGAATGCGTTTTAATAAATAATTATTGATTTTAGCAATTTTTTTATTTATTATCATTTATAGCAATACTATGTTAAGTCTGTAATATGTATTTAAATTAAATTAAATATGCAATATATATGTATTATAATTATTTTTAAAAATATATTATGCTTGTTTGATAAGACACATTGTATTATAAAAATGTATGATAAATGCATTATCCATCAAAGAAAGCTTGTATTATATGTGAATAATAAATTGATTTTTTGTAATATGATTTAAAAGTGTATTATAAATATATTAAAAGTGATAAAGTGAAAAAAAATTTTATTGCTATAAATGGTAAATATTTTTTATTTGTAGTATATTTATGTAAGTTTCCCAAATGATTT

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