Plant MITE

SE3750095

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11163
Solanum lycopersicum
SE3750095
PIF/harbinger
To2
SL2.40ch01:15827747-15828490
TAA
AGGCCTCATTTGTTTCTATTAA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA   C           - TA    GATTAA     C     ---   AATACCAGCTAAATATTAAGATTTGCATTAAGATCTGAGTTTTTTGATCGGAATACACATTCGAATATTAAGATGTGTCTCTAAATCTGAACACTAAATAATTAATGTTGTTTGTTTACAATATCTGAATATAAAAGTGAAATTGAACATTATATTAATAAATAGTATAAAATTTTCATTTCAATAAATTATATCACTTTTGATTAAAAAAAAATTAAAAGTTTTAATAATCATGATTTGGAGTACTATTTTTTTTATTCAAAACATTGATAAACAACAATACACCAATAATATTATTGTTGTTCTTGACACACGTCAATGCAACAAA
  AGG CTCATTTGTTT C  TTAA      GAGGT TGAAT   CTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
  ||| ||||||||||| |  ||||      ||||| |||||   |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
  TCC GAGTAAACAAA G  AATT      CTCCA ACTTA   ATT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
AA   A           C TG    ----AC     A     AAA   AGTAATTCTAAGTCGGATAATTCATGCAAACTAAAAATGCAGAATTAGATTTAGTAAGTTTAACTTGAGTAATTCAAATAAACAAAAGAAAAAATTTTATGAGAATTACTCATACTTCTCCAGTCTTACTTAGTCTAGACATACTTTGAGAATTATTGTAAGTGTGAGTAAACTGTTCAATAGTAAATTATTTAGTATCGAAGAGAAAAAACTCGCACGGAAAAATAGAGTATTGATTTTTTAAAGAAAGAAAGAAAAGAGTTAGTTTGTGGTAAAAAAAGTGTTATCTATTCAAAGTATTTAGGAAAGTTCATAAAAAAATATAATT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3750095

TAAGGCCTCATTTGTTTCTATTAAGATTAAGAGGTCTGAATCTGAATACCAGCTAAATATTAAGATTTGCATTAAGATCTGAGTTTTTTGATCGGAATACACATTCGAATATTAAGATGTGTCTCTAAATCTGAACACTAAATAATTAATGTTGTTTGTTTACAATATCTGAATATAAAAGTGAAATTGAACATTATATTAATAAATAGTATAAAATTTTCATTTCAATAAATTATATCACTTTTGATTAAAAAAAAATTAAAAGTTTTAATAATCATGATTTGGAGTACTATTTTTTTTATTCAAAACATTGATAAACAACAATACACCAATAATATTATTGTTGTTCTTGACACACGTCAATGCAACAAATTAATATAAAAAAATACTTGAAAGGATTTATGAAACTTATCTATTGTGAAAAAAATGGTGTTTGATTGAGAAAAGAAAGAAAGAAATTTTTTAGTTATGAGATAAAAAGGCACGCTCAAAAAAGAGAAGCTATGATTTATTAAATGATAACTTGTCAAATGAGTGTGAATGTTATTAAGAGTTTCATACAGATCTGATTCATTCTGACCTCTTCATACTCATTAAGAGTATTTTAAAAAAGAAAACAAATAAACTTAATGAGTTCAATTTGAATGATTTAGATTAAGACGTAAAAATCAAACGTACTTAATAGGCTGAATCTTAATGATTAAAAATTCAAACCTCCATTAAGTGCAAACAAATGAGACCTAA

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