Plant MITE

SE3750107

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11175
Solanum lycopersicum
SE3750107
PIF/harbinger
To2
SL2.40ch09:64292903-64293631
TAA
AGGCCTCATTTGTTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA               CCATTAAAATTAAG   - CTACATCTGAATACATATCTGAATATTAAGATTTGTATTAAGATTCAGGCGTTTTGATGTGAATACACATTTGAATATTAAGATATGGTCTCTAAATCTGAACACTTAATAATTAATGCTCTTTGTTTTCAATATCTGAATGTGCATGTGAAATTAACATTAAATTAATAAAATTTCATTAAAATTTCGTTTCAACAAAATATATCACTTTGATAAAAAAAAAAGTTTTAAAAGTTTTAATAGTCATGATTTGGAGTACAATTTTTTCATTCAAAAATCTTGATAAACACCAATACACTAACAGTGTTCTTGACACAGTCAATACAAAAAAATTAT
  AGGCCTCATTTGTTT              AGA T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
  |||||||||||||||              ||| |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
  TCCGGAGTAAACAAA              CGT A                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
AA               --------------   G GTTACCTCCATACTTAGAATTAGTAAGTTTAAGTCGGATAATTGATGCAAAAAATCCAAACCTAAGTCTAAGTCAAGTAATTCAAGTAAACAAAATAAAAAATATTTTGAAGAATTACCTAGACTCCTCCAGACTTACTTAATCTAGACATCCTTGAGAATTGTTGTAAGTCTGAGTAAATTATTCAATAGTTTATAATTGTAGCAAAGAGACGAAATTCGTACTAAAAAAAAATAGAGTATAGATTTTTCAAAGAGAGAAAAGAGTTAGTTTCTGGTAAAAAAGGGAAAATTTAACCATTCAAAAGTATTTAGGAAAGTTCAAAAAAAATATAAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3750107

TAAGGCCTCATTTGTTTCCATTAAAATTAAGAGATCTACATCTGAATACATATCTGAATATTAAGATTTGTATTAAGATTCAGGCGTTTTGATGTGAATACACATTTGAATATTAAGATATGGTCTCTAAATCTGAACACTTAATAATTAATGCTCTTTGTTTTCAATATCTGAATGTGCATGTGAAATTAACATTAAATTAATAAAATTTCATTAAAATTTCGTTTCAACAAAATATATCACTTTGATAAAAAAAAAAGTTTTAAAAGTTTTAATAGTCATGATTTGGAGTACAATTTTTTCATTCAAAAATCTTGATAAACACCAATACACTAACAGTGTTCTTGACACAGTCAATACAAAAAAATTATTAATATAAAAAAAACTTGAAAGGATTTATGAAAACTTACCAATTTAAAAGGGAAAAAATGGTCTTTGATTGAGAAAAGAGAGAAACTTTTTAGATATGAGATAAAAAAAAATCATGCTTAAAGCAGAGAAACGATGTTAATATTTGATAACTTATTAAATGAGTCTGAATGTTGTTAAGAGTTCCTACAGATCTAATTCATTCAGACCTCCTCAGATCCATTAAGAAGTTTTATAAAAAATAAAACAAATGAACTTAATGAACTGAATCTGAATCCAAACCTAAAAAACGTAGTTAATAGGCTGAATTTGAATGATTAAGATTCATACCTCCATTGAGTGCAAACAAATGAGGCCTAA

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