Plant MITE

SE3730131

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11199
Solanum lycopersicum
SE3730131
hAT
Hat11
SL2.40ch02:30025969-30026611
ATTCTCAC
CAGTGTCGGCTCTATGCATTGCCAAAT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

ATTCTCAC   T T     CT   -C   ----   -       GCCTTTGCCTTAGGCCCCCAAATTTTAGGGGCCTCCAAATTTTATCAAGAATAAATTATGAGTTAAAAAATTTATACAAAAATATATTATTTAGATAAAAAAAAGTATAATTTTTAAAGATATATAATATTTTACCCACTTTAACATCTTTTGTACTTTGTTAAAAATAAAAATTAATAGTGAAAAAGTGTTGAATAAAGTGAGTTATAAATTCTATTTTATTTCTTTTTAAATTTAGTTTCAAGCATTACTCAAAGCATATTAAAATGGGATATATCAA
        CAG G CGGCT  ATG  ATT    GCC AAATAAG                                                                                                                                                                                                                                                                                        
        ||| | |||||  |||  |||    ||| |||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                        G
        GTC C GCCGA  TGC  TAA    CGG TTTAGCT                                                                                                                                                                                                                                                                                        
CACTCTTA   C C     AT   AC   CCCT   A       TTAAAATTTAGCCCCGGATTTTATTATTGTTTGAAATATATACATAAATAAGTTTTAAATAAAAAGAATCTGATAAATCTATTTCTATTAATCAATAAATTATTATAAAAGTGTTAAATAATCAAAATCCATTCTAAAATAATTGAGTTGTTACTTTTTGTAGGAAAGTCACTCTTTTAATAATATACTTAACAATTGTATTAAAATATTCATTATTCAATTGTTTATAATTTATATCTATTTTCAATCTTAGTATTTTAAACTGCGTTCTTCAACTACT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3730131

ATTCTCACCAGTGTCGGCTCTATGCATTGCCAAATAAGGCCTTTGCCTTAGGCCCCCAAATTTTAGGGGCCTCCAAATTTTATCAAGAATAAATTATGAGTTAAAAAATTTATACAAAAATATATTATTTAGATAAAAAAAAGTATAATTTTTAAAGATATATAATATTTTACCCACTTTAACATCTTTTGTACTTTGTTAAAAATAAAAATTAATAGTGAAAAAGTGTTGAATAAAGTGAGTTATAAATTCTATTTTATTTCTTTTTAAATTTAGTTTCAAGCATTACTCAAAGCATATTAAAATGGGATATATCAAGTCATCAACTTCTTGCGTCAAATTTTATGATTCTAACTTTTATCTATATTTAATATTTGTTAACTTATTACTTATAAAATTATGTTAACAATTCATATAATAATTTTCTCACTGAAAGGATGTTTTTCATTGTTGAGTTAATAAAATCTTACCTAAAACTAATAAATTGTGAAAATATTATTAAATAACTAATTATCTTTATCTAAATAGTCTAAGAAAAATAAATTTTGAATAAATACATATATAAAGTTTGTTATTATTTTAGGCCCCGATTTAAAATTTCGATTTAGGCTCCCAATCACGTTAAGCCGCCCCTGATTCTCAC

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