Plant MITE

SE3750527

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11595
Solanum lycopersicum
SE3750527
PIF/harbinger
To2
SL2.40ch12:8939301-8940043
TTA
AGGCCTCATTTGTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TT              T  GTTAAGATTAAGAGGTCTGAATCTGAATACATATCTGAATATTAAGATTTGCATTAAGATTCAGGTGTTTTGATCTGAATACACGTTTGAGTATTAAAACGTGGTCTCTATATTTGAACACTAAATAATTAATCTTGTTTGTTTTCAATATCTGAATGTGCATGTGAAATTAACATTAAATTAATAAAATATCATAAAAATTTCATTTCAACAAAATATATCACTTTTGATAAAAAAAGTTTTAAAAGTTTTCATAATCATGATTTGGAGTATAATTTTTTTCATTCAAAAACCTTGCTAAATACTAATAAACCAACAGTGTTCTTGACACAATCAATACAAGAAAATTATTA
  AGGCCTCATTTGTT TC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
  |||||||||||||| ||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
  TCCGGAGTAAACAA AC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
AT              -  GTGAATTACCTCCAGATTTAGAATTAGTAAGTCTAAGTCGGATAATTCATGTAAACCAAAAATCCAGACTTAGACCTAGTAAGTCTAAGTCGGGTAATTCAAGTAAACAAAATAAAAAATTTTTTGGAGAATTACCCAGACTTCTCCAGTCTTACTTAGTCTAGACATCCTCTGAGAATTGTTATAAGTCTGAGTAAATTATTCAATAGTTTATTATTGTAGTGAAGAGACGAAATTCGCACGAAAAAATAGAGTATTGATTTTTGAAAGAAATAGAGAAACGAGTTAGTTTGTGGTAAAAAAAGGAGAACTTAACCATTCAAAAGTATTTAGGAAAGTGTAAAAAAAATATA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3750527

TTAGGCCTCATTTGTTTTCGTTAAGATTAAGAGGTCTGAATCTGAATACATATCTGAATATTAAGATTTGCATTAAGATTCAGGTGTTTTGATCTGAATACACGTTTGAGTATTAAAACGTGGTCTCTATATTTGAACACTAAATAATTAATCTTGTTTGTTTTCAATATCTGAATGTGCATGTGAAATTAACATTAAATTAATAAAATATCATAAAAATTTCATTTCAACAAAATATATCACTTTTGATAAAAAAAGTTTTAAAAGTTTTCATAATCATGATTTGGAGTATAATTTTTTTCATTCAAAAACCTTGCTAAATACTAATAAACCAACAGTGTTCTTGACACAATCAATACAAGAAAATTATTAATATAAAAAAAATGTGAAAGGATTTATGAAAACTTACCAATTCAAGAGGAAAAAAATGGTGTTTGATTGAGCAAAGAGATAAAGAAAGTTTTTAGTTATGAGATAAAAAAGCACGCTTAAAGCAGAGAAGTGATGTTATTATTTGATAACTTATTAAATGAGTCTGAATATTGTTAAGAGTCTCCTACAGATCTGATTCATTCTGACCTCTTCAGACCCATTAAGAGGTTTTTTAAAAAATAAAACAAATGAACTTAATGGGCTGAATCTGAATGATCCAGATTCAGACCTAAAAACCAAATGTACTTAATAGGCTGAATCTGAATGATTAAGATTTAGACCTCCATTAAGTGCAAACAAATGAGGCCTTA

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