Plant MITE

SE0830043

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_11672
Thellungiella salsuginea
SE0830043
hAT
Hat10
Scaffold_10525:9212-9809
CTTTGAAT
TTTGAATTAGGACTGGGC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

C      T    A      -----     -------           GGATTTTGAGGATATCCGTGATCCGCTCCGCTCCGTCCGGATAATCATGTTTCTGATCCGTATCCGCTCCGTAACTATCTGGATATCTGTTTTCCGGATATCCGCTAAAAATTTGAATATTTTCCGGATATCCGATCCGCTCCATAAAAATCTTTAAATAATAATATATTTAAAATAAAATTTTAAAAAATCAAAATTTAGCTAAAAATGACAATATTTTCTTTAAAAATATATTTTTTTACTTAACTTATTAAGTTT
 TTTGAA TAGG CTGGGC     GCGGA       GCGGATATCCT                                                                                                                                                                                                                                                                  
 |||||| |||| ||||||     |||||       |||||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                   
 AAGTTT ATCC GACCCG     TAGGC       ACGAAGCTAGG                                                                                                                                                                                                                                                                  
T      C    C      TTTTA     AATATAA           CAATAGGCAGAGCTAAGCTAAGCTTTTTAGGCCTATAGGCATTAAAATACCTCGTTTCGTTTATGATTTTAAGTTATAGGCAATTTTTGTCTCGTTTAGTGTTTATGATTTTATTTAATTCTGCCTATAGGCGAGGCGAGGCTATATTTATATATATACATATATATCTATCTATTATTAAGTATATTTCACATATTAATAATATATATTTACATTAAAAATACTCAAAAAAATATTTAAACTAATAATATTTATAAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0830043

CTTTGAATTAGGACTGGGCGCGGAGCGGATATCCTGGATTTTGAGGATATCCGTGATCCGCTCCGCTCCGTCCGGATAATCATGTTTCTGATCCGTATCCGCTCCGTAACTATCTGGATATCTGTTTTCCGGATATCCGCTAAAAATTTGAATATTTTCCGGATATCCGATCCGCTCCATAAAAATCTTTAAATAATAATATATTTAAAATAAAATTTTAAAAAATCAAAATTTAGCTAAAAATGACAATATTTTCTTTAAAAATATATTTTTTTACTTAACTTATTAAGTTTTAATATTTATAATAATCAAATTTATAAAAAAACTCATAAAAATTACATTTATATATAATAATTATACACTTTATATGAATTATTATCTATCTATATATACATATATATATTTATATCGGAGCGGAGCGGATATCCGTCTTAATTTATTTTAGTATTTGTGATTTGCTCTGTTTTTAACGGATATTGAATTTTAGTATTTGCTTTGCTCCATAAAATTACGGATATCCGGATTTTTCGAATCGAATCGAGACGGATAACGGATCGAAGCAAATATAACGGATATTTTGCCCAGCCCTACTTTGAAT

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