SE1220070

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_11793
  • Citrullus lanatus
  • SE1220070
  • Mutator
  • M14
  • scaffold465:105507-105961
  • TAATAATAA
  • AGGGAAAATATCAATTTATACCCCTAAACTTTGAGGGTTGTATCAATTCAAACTTTAAACTAATTATTGTATCAATTTAAACCCTGAATTTTGGGTTGTATCAGTTTAAACCCCAAACTAATAATTGTATCAATTAAAACCTTGAATTTTCATAAGTATATCAATTTAAACCTTAAACTTTCATAAAGATATCAATTTAAAACTTTCATAAGTGT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
TAATAATA    A                  C         A              CAA             T     A                     --GGG    A         A          A         C    A                 A   A                A     T     AGA           AA       AA    ATCCA
        AGGG AAATATCAATTTATACCC TAAACTTTG GGGTTGTATCAATT   ACTTTAAACTAAT ATTGT TCAATTTAAACCCTGAATTTT     TTGT TCAGTTTAA CCCCAAACTA TAATTGTAT AATT AAACCTTGAATTTTCAT AGT TATCAATTTAAACCTT AACTT CATAA   TATCAATTTAA  CTTTCAT  GTGT     
        |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||     |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||||||  |||||||  ||||     A
        TCCC TTTATAGTTAAATATGGG ATTTGAAAT TCCAACATAGTTAA   TGGGATTTGATTA TAACA AGTTAAATTTGGGACTTGAAA     GACA AGTTGAATT GGGGTTTGAT ATTAACATA TTAA TTTGGGATTTGAAAGTA TCA ATAGTTAAATTTGGGA TTGAA GTATT   ATAGTTAAATT  GGAGGTA  TACA     
AATAATAA    G                  -         C              ATA             T     C                     ATGTT    C         -          C         A    A                 A   C                C     -     CAC           TG       -A    AAATA

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End