SE1220083

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_11806
  • Citrullus lanatus
  • SE1220083
  • Mutator
  • M7
  • scaffold253:656246-656730
  • TTAATTAAA
  • TTAATTAAAGGTTAAAAAACACTTTTGGTCCCTATAATTTTATGGAAGTAACAATTTGG

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
         A         A            C  TAA                      GCCATA                         C        ------------------  G  TGTAACAATTTAGTCCTTTTACTTTCAAATTTGCAACCATTTAGTCTTTAATGTAAACAAAATAATCAAAATTAGATGTCAATTTTTATTATTTTATGATGTAGACTATGTATTTTGTAAAAACATTAAG
 TTAATTAA GGTTAAAAA CACTTTTGGTCC TA   TTTTATGGAAGTAACAATTTGG      AACTTTAGTTTGTAACGATTTAGTC TTGTACTT                  TA TA                                                                                                                                  
 |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||                  || ||                                                                                                                                   
 AATTAATT CCAATTTTT GTGAAAATCAGG AT   AAAGTATTTTTATTGTTAAATC      TTGAAATTAAACATTGCTAAATCAG GACATGAA                  TC AG                                                                                                                                  
A        -         A            A  TTA                      AGAGAC                         A        AGTTACAACATTATTAAA  -  AAACCTGAAATGATACATTGTTAAATCAGAATATGAAATTTGAAACATTGCTAAATCAAAGATAACATCTTTAATCACAATTTTAAATTATTCTAAAGTACGTATTTATTTGGCTATTTGATTAATTTCT

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End